Biodiversitet er et udtryk for variationen i den levende natur og dækker over den mangfoldighed, der er inden for alle levende organismer og samspillet mellem de økosystemer, de indgår i.

Mange økosystemer er blevet helt eller delvist nedbrudt i løbet af det sidste århundrede og især de sidste årtier. Hastigheden hvormed plante- og dyrearter er uddøde, svarer til tidligere tiders masseuddøen. I Danmark er  der omkring 35.000 kendte arter, hvoraf den nuværende status er, at cirka 28 procent er rødlistet. Det vil sige, de er truet, i fare for at blive det eller uddøde.

Naturværket kan bidrage med at identificere økosystemer, der kan forbedres, samt hvilke tiltag der skal til, for at de kan fungere som levested for en eller flere plante- og dyrerater og dermed understøtte biodiversitet. En biodiversitetsstrategi vil gøre det muligt at udvikle biodiversiteten inden for et område eller en kommune i samspil med øvrige interesser for områdets anvendelse. En sådan strategi udarbejder Naturværket gerne og kan samtidig formidle hvilke økosystem-tjenester (Ecosystem Services), som et område leverer eller kan levere, så det kan sættes i relation til de hidtil mest prioriterede økosystem-tjenester, som eksempelvis landbrug eller skovbrug (forsyningstjenester).